Show
Ignore:
Timestamp:
12/14/09 15:51:46 (8 months ago)
Author:
soergel
Message:
 
Location:
trunk/src/main/java/edu/berkeley/compbio/jlibsvm/legacyexec
Files:
2 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/main/java/edu/berkeley/compbio/jlibsvm/legacyexec/svm_toy.java

    r113 r149  
    44import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.ContinuousModel; 
    55import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.DiscreteModel; 
    6 import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.ImmutableSvmParameter; 
    76import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.ImmutableSvmParameterPoint; 
    87import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.MutableSvmProblem; 
    … …  
    1615import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.kernel.GammaKernel; 
    1716import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.kernel.GaussianRBFKernel; 
    18 import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.kernel.KernelFunction; 
    1917import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.kernel.LinearKernel; 
    2018import edu.berkeley.compbio.jlibsvm.kernel.PolynomialKernel; 
    … …  
    7169        byte current_value = 1; 
    7270 
    73         ImmutableSvmParameter param; 
     71        ImmutableSvmParameterPoint param; 
    7472 
    7573 
    … …  
    292290                        } 
    293291 
    294                 ImmutableSvmParameterPoint.Builder paramBuilder = new ImmutableSvmParameterPoint.Builder(); 
     292                ImmutableSvmParameterPoint.Builder paramPointBuilder = new ImmutableSvmParameterPoint.Builder(); 
    295293 
    296294                // default values 
    … …  
    300298                                param.gamma = 0; 
    301299                                param.coef0 = 0;*/ 
    302                 paramBuilder.nu = 0.5f; 
    303                 paramBuilder.cache_size = 40; 
    304                 paramBuilder.C = 1; 
    305                 paramBuilder.eps = 1e-3f; 
    306                 paramBuilder.p = 0.1f; 
    307                 paramBuilder.shrinking = true; 
    308                 paramBuilder.probability = false; 
     300                paramPointBuilder.nu = 0.5f; 
     301                paramPointBuilder.cache_size = 40; 
     302                paramPointBuilder.C = 1; 
     303                paramPointBuilder.eps = 1e-3f; 
     304                paramPointBuilder.p = 0.1f; 
     305                paramPointBuilder.shrinking = true; 
     306                paramPointBuilder.probability = false; 
    309307                //param.nr_weight = 0; 
    310308                //param.weightLabel = new int[0]; 
    … …  
    355353                                        break; 
    356354                                case 'n': 
    357                                         paramBuilder.nu = Float.parseFloat(argv[i]); 
     355                                        paramPointBuilder.nu = Float.parseFloat(argv[i]); 
    358356                                        break; 
    359357                                case 'm': 
    360                                         paramBuilder.cache_size = Float.parseFloat(argv[i]); 
     358                                        paramPointBuilder.cache_size = Float.parseFloat(argv[i]); 
    361359                                        break; 
    362360                                case 'c': 
    363                                         paramBuilder.C = Float.parseFloat(argv[i]); 
     361                                        paramPointBuilder.C = Float.parseFloat(argv[i]); 
    364362                                        break; 
    365363                                case 'e': 
    366                                         paramBuilder.eps = Float.parseFloat(argv[i]); 
     364                                        paramPointBuilder.eps = Float.parseFloat(argv[i]); 
    367365                                        break; 
    368366                                case 'p': 
    369                                         paramBuilder.p = Float.parseFloat(argv[i]); 
     367                                        paramPointBuilder.p = Float.parseFloat(argv[i]); 
    370368                                        break; 
    371369                                case 'h': 
    372                                         paramBuilder.shrinking = Boolean.parseBoolean(argv[i]); 
     370                                        paramPointBuilder.shrinking = Boolean.parseBoolean(argv[i]); 
    373371                                        break; 
    374372                                case 'b': 
    375                                         paramBuilder.probability = Boolean.parseBoolean(argv[i]); 
     373                                        paramPointBuilder.probability = Boolean.parseBoolean(argv[i]); 
    376374                                        break; 
    377375                                case 'u': 
    378                                         paramBuilder.redistributeUnbalancedC = Boolean.parseBoolean(argv[i]); 
     376                                        paramPointBuilder.redistributeUnbalancedC = Boolean.parseBoolean(argv[i]); 
    379377                                        break; 
    380378                                case 'w': 
    381                                         paramBuilder.putWeight(Integer.parseInt(argv[i - 1].substring(2)), Float.parseFloat(argv[i])); 
     379                                        paramPointBuilder.putWeight(Integer.parseInt(argv[i - 1].substring(2)), Float.parseFloat(argv[i])); 
    382380                                        break; 
    383381                                default: 
    … …  
    386384                        } 
    387385 
    388                 KernelFunction kernel; 
     386                //final KernelFunction kernel; 
    389387                switch (kernel_type) 
    390388                        { 
    391389                        case svm_train.LINEAR: 
    392                                 kernel = new LinearKernel(); 
     390                                paramPointBuilder.kernel = new LinearKernel(); 
    393391                                break; 
    394392                        case svm_train.POLY: 
    395                                 kernel = new PolynomialKernel(degree, gamma, coef0); 
     393                                paramPointBuilder.kernel = new PolynomialKernel(degree, gamma, coef0); 
    396394                                break; 
    397395                        case svm_train.RBF: 
    398                                 kernel = new GaussianRBFKernel(gamma); 
     396                                paramPointBuilder.kernel = new GaussianRBFKernel(gamma); 
    399397                                break; 
    400398                        case svm_train.SIGMOID: 
    401                                 kernel = new SigmoidKernel(gamma, coef0); 
     399                                paramPointBuilder.kernel = new SigmoidKernel(gamma, coef0); 
    402400                                break; 
    403401                        case svm_train.PRECOMPUTED: 
    404                                 kernel = new PrecomputedKernel(); 
     402                                paramPointBuilder.kernel = new PrecomputedKernel(); 
    405403                                break; 
    406404                        default: 
    … …  
    408406                        } 
    409407 
     408 
    410409                SVM svm; 
    411                 param = paramBuilder.build(); 
     410                param = paramPointBuilder.build(); 
    412411                switch (svm_type) 
    413412                        { 
    … …  
    468467                else if (svm_type == svm_train.EPSILON_SVR || svm_type == svm_train.NU_SVR) 
    469468                        { 
    470                         if (kernel instanceof GammaKernel && ((GammaKernel) kernel).getGamma() == 0f) 
    471                                 { 
    472                                 ((GammaKernel) kernel).setGamma(1.0f); 
     469                        if (param.kernel instanceof GammaKernel && ((GammaKernel) param.kernel).getGamma() == 0f) 
     470                                { 
     471                                ((GammaKernel) param.kernel).setGamma(1.0f); 
    473472                                //gamma = 1; 
    474473                                } 
    … …  
    512511                        window_gc.drawLine(0, 0, 0, YLEN - 1); 
    513512 
    514                         int p = (int) (paramBuilder.p * YLEN); 
     513                        int p = (int) (paramPointBuilder.p * YLEN); 
    515514                        for (int i = 1; i < XLEN; i++) 
    516515                                { 
    … …  
    541540                else 
    542541                        { 
    543                         if (kernel instanceof GammaKernel && ((GammaKernel) kernel).getGamma() == 0f) 
    544                                 { 
    545                                 ((GammaKernel) kernel).setGamma(0.5f); 
     542                        if (param.kernel instanceof GammaKernel && ((GammaKernel) param.kernel).getGamma() == 0f) 
     543                                { 
     544                                ((GammaKernel) param.kernel).setGamma(0.5f); 
    546545                                //gamma = 0.5f; 
    547546                                } 

  • trunk/src/main/java/edu/berkeley/compbio/jlibsvm/legacyexec/svm_train.java

    r132 r149  
    229229                                        break; 
    230230                                case 'c': 
     231                                        // override the default 
    231232                                        builder.Cset = new HashSet<Float>(); 
     233 
    232234                                        for (String s : argv[i].split(",")) 
    233235                                                {